Les engagements de la Charte de Pilotage de 2007 n'ont pas été respectés en ce qui concerne les établissements multi-sites. Le SNPDEN a dénoncé les tentatives locales de créer des « méga-établissements » (qui se traduisent parfois par la disparition injustifiée d'établissements de 3e catégorie et plus).
L’EPLE multi-sites est conçu pour répondre aux besoins d'un service public de proximité tout en offrant de meilleures conditions d'exercice aux directions des établissements à petits effectifs, le plus souvent composées d'un seul personnel de direction. C'était le sens de la « Charte des pratiques de pilotage» qui indique que ces EPLE multi-sites doivent être dotés « d'une équipe de direction complète et d'un pôle administratif renforcé » et disposer « d’un correspondant dans chacun des sites ».
Le SNPDEN a précisé les conditions minimales de l’organisation des établissements multi-sites (Congrès de Toulon).
Il ne serait dès lors pas acceptable que le nombre croissant de postes de personnels de direction non pourvus, ne serve de prétexte à des regroupements non pertinents d’établissements et ignore la concertation des acteurs des différentes structures (CSN de Mai 2007).